A continuación se presenta algunas de las exposiciones temporales que a partir de 2004 el Museo de la Independencia-Casa del Florero ha exhibido al público.

Independencia de Cartagena, entre el Centenario y el Bicentenario
Como complemento de la exposición Acta de la Revolución de 1810: de
documento a monumento, esta exposición pone en escena 11 momentos
claves (en cinco capítulos) sobre los acontecimientos, los recuerdos y los
usos del pasado que se han hecho sobre el tema de la Independencia de
Cartagena en estos doscientos años de conmemoración.

Acta de la Revolución de 1810: de documento a monumento
Para celebrar el primer año de reapertura del Museo y en el marco de la IX Semana de la Independencia, esta exposición muestra seis grabados conmemorativos del Acta de la Revolución de 1810, impresas entre 1849 y 1910 en Europa y Colombia, así como otras piezas complementarias.
Del 19 de julio al 19 de octubre de 2011

Antonio Nariño: tertulia y masonería
Esta exposición busca mostrar algunos aspectos del contexto social,
político y cultural en el cual el "Precursor" desarrolló sus acciones e ideas
hace más de 200 años.
Del 3 de junio al 1 de octubre de 2011

¿Cómo se rehace un museo?
Todo sobre la renovación del Museo para conmemorar el Bicentenario de la Independencia
Desde el 4 de diciembre de 2010 hasta el 13 de marzo de 2011

Santa Libertad. Memoria y olvido de una imagen femenina de la Independencia
La imagen de Santa Librada junto al Cristo de los Mártires
Desde el 18 de julio hasta el 1 de octubre de 2009

Habla el Florero, hable con él. Un objeto histórico interrogado

Muestra del proceso de investigación dentro del proyecto Restaurar para el Bicentenario en el que se realizó un análisis científico a la histórica base de florero, con la Facultad de Estudios del Patrimonio Cultural Universidad Externado de Colombia.
Desde el 15 julio al 1 de octubre de 2008

Patrimonio recuperado II
El lienzo de techumbre de un oratorio santafereño
Desde el 26 de mayo hasta el 1 de julio de 2007

Independencia en el acto 
Del 28 de julio al 4 de septiembre de 2005

Rompa usted el florero, nosotros se lo reponemos
Del 28 de julio al 4 de septiembre de 2004