Al finalizar la guerra de independencia, la Quinta estaba a punto de desaparecer por el creciente deterioro que había sufrido. Tras la victoria definitiva sobre los españoles, el
gobierno de la Nueva Granada adquirió la propiedad con el propósito de obsequiársela al Libertador, "como una pequeña demostración de gratitud y reconocimiento en que se
halla constituido este Departamento de Cundinamarca por tan inmensos beneficios de que lo ha colmado Su Excelencia, restituyéndole su libertad."

Así reza la escritura, firmada por el gobernador José Tiburcio Echevarría el 16 de junio de 1820. La compra se hizo por dos mil quinientos pesos. El documento aclara que dicha
compra se hacía a nombre del vicepresidente Francisco de Paula Santander y del Estado colombiano. Allí también se deja constancia de la necesidad de mejorar la finca para
entregarla en condición presentable al Libertador.

Bolívar fue propietario de la Quinta durante 10 años, pero no la habitó mucho tiempo. En 1821 la ocupó por primera vez, en dos ocasiones que coincidieron con el cenit de su
gloria: durante el mes de enero, antes de partir a la campaña final de independencia de Venezuela, que culminó en la Batalla de Carabobo; y en octubre del mismo año, después
de dicho triunfo, antes de emprender, el 13 de diciembre, la Campaña Libertadora del sur. Durante sus años de ausencia, entre 1821 y 1826, un pariente suyo, llamado
Anacleto Clemente, habitó la casa y la dejó en tan mal estado que, ante la proximidad del regreso de Bolívar a Bogotá, el 6 de agosto de 1826, Santander le envió una
comunicación donde le manifestaba:

Hice emplear muchos pesos en componer la Quinta que dejó Anacleto arruinada, y aunque no quedará de gran lujo, quedará de gusto y mejor que nunca.

El 21 de septiembre volvió a escribirle:

Su Quinta se la tengo muy compuesta y decente. Hemos echado mano de sus sueldos viejos atrasados para que siquiera sirvan para proporcionar un desahogo a quien tanto
lo necesita y lo merece. Vergüenza me diera que usted se alojara como antes y se sirviera de muebles prestados. Juan M. Arrubla me ha servido mucho en esta operación.

El 14 de noviembre de 1826, Bolívar hizo su entrada a Bogotá, de regreso del Perú. Desde entonces, y hasta su partida final en 1830, habitó en forma
esporádica este lugar que se convirtió en el refugio de sus constantes viajes y del tenso ambiente político.

En 1828, mientras Bolívar sorteaba las dificultades políticas y el ambiente de la Convención de Ocaña, Manuelita Sáenz de Thorne llegó a la Quinta. Se habían
conocido en Quito, su tierra natal, en junio de 1822, durante el suntuoso baile en que se festejó el triunfo de la Batalla de Pichincha, y desde entonces surgió
entre ambos un profundo amor. Manuelita le brindó apoyo apasionado e incondicional al Libertador y a sus amigos, de quienes se convirtió en hábil consejera
política. Su presencia transformó la Quinta en lugar de fiestas y reuniones.

La Quinta fue testigo de grandes acontecimientos como la instauración de la Gran Colombia y la culminación de la Campaña del Sur; de fiestas como aquella
en la que se conmemoró el natalicio de Bolívar -celebrado por los contertulios el 24 de julio de 1828, en ausencia del Libertador- y en la cual se poblaron de
tiendas de campaña las colinas circunvecinas a fin de alojar allí al Batallón Granaderos. Entre los invitados se encontraban el general José María Córdova y
sus edecanes, el doctor Estanislao Vergara, el canónigo Francisco Javier Guerra, el historiador José Manuel Restrepo y el general Rafael Urdaneta.

También se vivieron en ella momentos críticos originados en los graves sucesos que conmovieron entonces a la República y en la oposición de los enemigos
a las ideas bolivarianas, derrotadas en la Convención de Ocaña. Allí se refugió después del atentado contra su vida, ocurrido el 25 de septiembre de 1828, y
se firmó la negativa a conmutar la pena de muerte a los conjurados por este hecho.

La sexta y última estadía de Bolívar se produjo entre el 15 de enero de 1830 y el 1 de marzo del mismo año, aunque desde el 28 de enero ya había regalado la
Quinta a su amigo José Ignacio París, conocido por sus servicios a la causa independentista y por su lealtad al Libertador. La donación, en realidad, fue hecha
a su hija, Manuela París, quien, por ser menor de edad, no la pudo recibir, de manera que lo hizo su padre a nombre de ella, a través de una escritura que se
firmó en el Palacio de San Carlos. La donación se avaluó en dos mil quinientos pesos.